Osoba, która otrzymała fakturę zaliczka ma możliwość odpisać podatek naliczony z faktury zaliczka w rozliczeniu za czas, w którym ją otrzymała. Faktura zaliczkowa jest specjalnym typem rachunku, który jest tworzony w sytuacji otrzymania zaliczki za towar, albo usługę. Faktura ta koniecznie musi zawierać standardowe fragmenty standardowej fakturki a także zawierać objaśnienie 'zaliczka'. Faktura tego typu nie stanowi przychodu przy liczeniu podatku od dochodu, lecz należy ją wstawić do rejestru VAT.
Rachunek wystawia się także siedem dni od dnia, w którym wzięto zaliczkę. Do wypełniania faktur zaliczkowych najrozsądniejszym zdaje się program do faktur zbudowany przez mediait. Jest to rzeczywiście funkcjonalny program, który odnaleźć można w sieci www. Faktura końcowa VAT, to zamykająca faktura zaliczkowa VAT. Od typowej zaliczki wyróżnia się tym, że trzeba ją wpisać do ewidencji przychodów. Jeśli zamówienie tyczy się usługi lub towaru objętych różnorodnymi stawkami VAT, musimy proporcjonalnie do treści zamówienia podsumować podatek. Jeśli pobrane wpłaty są całością zamówienia, winno się wystawić fakturę zaliczka końcową, którą winno się zaksięgować do KPiR. Jeśli zadatki będą większe od zamówienia, trzeba wystawić korektę faktury zaliczka. Faktura zaliczkowa musi zawierać historię wszystkich wcześniej wpłaconych przedpłat,a także charakterystykę zamówienia.
Pozycja faktury VAT musi mieć takie dane:
* Koszt netto X ilości,,
* Ilość,
* Koszt netto,
* Wysokość podatku,
* Opis towaru,
* Wartość brutto,
* Kwotę podatku
Faktura zaliczkowa winna uwzględniać dane takie jak:
* Dzień, miesiąc, rok sporządzenia dokumentu sprzedaży,
* Nr rachunku na przykład FVS 6/4/2009,,
* Dane zbywającego,
* Kwotę brutto,
* Informacje o nabywcy,
* Stawki podatku z wartościami